1.科技成果與產品關聯性低
天津高企認定公司表示新的工作指引中對科技成果轉化專業能力的評分是由技術專家對企業科技成果轉化的綜合的情況來進行綜合素質評價，還沒有明確的統一的考核指標，對企業來講，成果轉化多多益善是一方面，成果與產品間的聯系與合理有效轉化也是高分的重點。技術成果是什么呢？，怎樣轉化的，使用在哪個產品中，使用的效果怎么樣，是否出現收益等這基本都是企業要詳實表述的重點，大部分企業“強行轉化”，知產跟項目和產品明顯不相匹配，成果與產品基本無聯系，那任你舌燦蓮花也沒辦法彌補。

2.知識產權科學技術含量不高
實用新型專利利用的周期性為一年左右，發明專利利用的周期性更長，要1年半到3年。絕大部分知識產權總量遠遠不夠，又著急申報高企的企業想 保障“得到自主知識產權”項加分最快速的法子是選用軟著申請。企業完全為了能申報高企而申報軟著，知產關聯性低，甚至是軟著與研發項目和產品的關鍵技術完全不搭界，張冠李戴，這就致使企業知識產權評分不高。
3.人事、財務等管理規范普遍存在漏洞
新的工作指引進一步加強了企業對社保技術人員的排查力度，尤其是各個鄉鎮型科技企業。而不少新創辦的公司為了能降低費用，常常核心創業技術人員甚至是剛成立團隊的技術人員都不怎么交社保，將錢省下用作新產品研發、生產加工、銷售。除此以外，近兩年來新創辦的企業多以技術人才創辦為主要，這類企業技術各方面相對比較先進，但財務管理各方面就相應松散。考慮到線上支付的快速發展，現如今不少企業線上收款，直接進入賬戶，就算進入公司賬戶也很少開票，致使賬目混亂。

4.團隊缺少申報資料編寫實踐經驗
天津高企認定公司指出相對于小企業和首次申報的企業來講，對具體的政策措施和申報過程遠遠不夠透澈及編寫申報材料基礎薄弱也是一個大難題。團隊缺少實際操作相關經驗，不清楚材料具體的需要怎樣籌備。