4、其他相關費用的歸集與限額計算
研發費用的歸集范圍除其他相關費用外僅限于《通知》列舉的項目，考慮到其他相關費用名目不一，不能窮盡列舉，因此《通知》參照高新技術企業研發費用的相關規定，明確與研發活動直接相關的其它相關費用，不得超過可加計扣除研發費用總額的10%。公告進一步明確了該限額的計算：應按項目分別計算，每個項目可加計扣除的其他相關費用都不得超過該項目可加計扣除研發費用總額的10%。按照《通知》規定，假設某一研發項目的其他相關費用的限額為X，《通知》第一條允許加計扣除的研發費用中的第1項至第5項費用之和為Y，那么X =（X+Y）×10%，即X=Y×10%/(1-10%)。
例：某企業2016年進行了二項研發活動A和B，A項目共發生研發費用100萬元，其中與研發活動直接相關的其他費用12萬元，B共發生研發費用100萬元，其中與研發活動直接相關的其他費用8萬元，假設研發活動均符合加計扣除相關規定。A項目其他相關費用限額=（100-12）×10%/(1-10%)=9.78，小于實際發生數12萬元，則A項目允許加計扣除的研發費用應為97.78萬元（100-12+9.78=97.78）。B項目其他相關費用限額=（100-8）×10%/(1-10%)=10.22，大于實際發生數8萬元，則B項目允許加計扣除的研發費用應為100萬元。
該企業2016年可以享受的研發費用加計扣除額為98.89萬元[（97.78+100）×50%=98.89]。

5、特殊收入應扣減可加計扣除的研發費用問題
企業開展研發活動中實際發生的研發費用可按規定享受加計扣除政策，實務中常有已歸集計入研發費用、但在當期取得的研發過程中形成的下腳料、殘次品、中間試制品等特殊收入，此類收入均為與研發活動直接相關的收入，應沖減對應的可加計扣除的研發費用。為簡便操作，公告明確，此類收入應沖減當期可加計扣除的研發費用，不足沖減的，允許加計扣除的研發費用按零計算。
生產單機、單品的企業，研發活動直接形成產品或作為組成部分形成的產品對外銷售，產品所耗用的料、工、費全部計入研發費用加計扣除不符合政策鼓勵本意?？紤]到材料費用占比較大且易于計量，為強化政策導向，公告明確，研發活動直接形成產品或作為組成部分形成的產品對外銷售的，研發費用中對應的材料費用不得加計扣除。

6、財政性資金用于研發形成的研發費支出不得加計扣除
《企業所得稅法實施條例》規定，企業的不征稅收入用于支出所形成的費用或者資產，不得扣除或者計算對應的折舊、攤銷扣除。據此，《公告》明確，企業取得作為不征稅收入處理的財政性資金用于研發活動所形成的費用或無形資產，不得計算加計扣除。未作為不征稅收入處理的財政性資金用于研發活動所形成的費用或無形資產，可按規定計算加計扣除。

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